环境影响评价法作为我国环境保护法律体系中的重要组成部分，其核心目的在于通过科学评估项目的潜在环境影响，确保经济发展与生态保护之间的平衡。然而，在具体实施过程中，第三十一条的规定却面临着诸多法律适用上的难题。本文将从理论与实践的角度出发，探讨该条款在实际操作中所遇到的主要困境，并提出相应的改进建议。

首先，第三十一条涉及对未依法进行环境影响评价的行为进行处罚的相关规定。尽管这一条款明确了违法行为及其法律责任，但在具体执行时却存在模糊性。例如，“未依法”这一表述缺乏明确的操作标准，导致执法部门在判定是否构成违法时面临困难。此外，对于轻微违规行为与严重违法行为之间如何划分界限，也缺乏清晰的界定，这使得行政处罚的尺度难以把握。

其次，该条款在实践中还暴露出与其他法律法规衔接不畅的问题。环境影响评价不仅是一项独立的工作，更是整个项目审批流程的重要环节之一。因此，当涉及到跨部门协作时，如规划审批、土地使用许可等，不同法规间可能存在冲突或重叠，从而影响了整体工作的推进效率。特别是在涉及多个行政区域或者复杂利益关系的情况下，这种矛盾尤为突出。

再者，随着经济社会发展速度加快以及公众环保意识增强，原有的法律框架已难以完全适应新形势下的需求。比如，在应对新型污染源（如电子废弃物处理）方面，《环境影响评价法》第三十一条尚未形成针对性强、操作性强的具体措施；同时，在鼓励绿色技术创新、促进可持续发展的背景下，如何平衡监管力度与创新活力也成为亟待解决的新课题。

针对上述问题，我们建议采取以下对策：一方面，应当进一步细化和完善相关条款内容，增加可操作性和透明度，为执法人员提供明确指引；另一方面，则需要加强部门间沟通协调机制建设，实现信息共享和技术支持，共同构建高效统一的管理体系。此外，还可以考虑引入第三方评估机构参与环境影响评价过程，以提高评估结果的专业性和公正性。

综上所述，《环境影响评价法》第三十一条虽旨在强化环境保护力度，但其在实际应用中仍存在一定局限性。只有不断优化立法设计并完善配套措施，才能更好地发挥该法的作用，推动我国生态文明建设迈向更高水平。